WWW.KN.LIB-I.RU
БЕСПЛАТНАЯ  ИНТЕРНЕТ  БИБЛИОТЕКА - Различные ресурсы
 

«ИНСТРУКЦИЯ О МЕТОДАХ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКОЙ ДИАГНОСТИКИ МЕНИНГОКОККОВОЙ ИНФЕКЦИИ И БАКТЕРИАЛЬНЫХ МЕНИНГИТОВ I. МИКРОБИОЛОГИЧЕСКАЯ ...»

Приложение 3

к приказу Минздрава

Кыргызской Республики

от 28.04.2015 года №212

ИНСТРУКЦИЯ

О МЕТОДАХ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКОЙ ДИАГНОСТИКИ

МЕНИНГОКОККОВОЙ ИНФЕКЦИИ

И БАКТЕРИАЛЬНЫХ МЕНИНГИТОВ

I. МИКРОБИОЛОГИЧЕСКАЯ ДИАГНОСТИКА

МЕНИНГОКОККОВОЙ ИНФЕКЦИИ И

БАКТЕРИАЛЬНЫХ МЕНИНГИТОВ

ОБЩИЕ ПОЛОЖЕНИЯ

1. Лабораторная диагностика менингококковой инфекции и гнойных менингитов (далее - ГМ) осуществляется бактериологическим методом путем выделения и идентификации возбудителя, серологическим - путем выявления специфических антигенов в жидкостях организма (ликвор, кровь, синусоидальная жидкость и др.) или антител в сыворотке крови.

Лабораторное обследование проводят с диагностической целью и по эпидемиологическим показаниям. С диагностической целью обследуют больных с клинически выраженной формой заболевания, локализованной формой (назофарингит) и с подозрением на менингококковую инфекцию и менингиты иной этиологии.

2. По эпидемиологическим показаниям обследуют лиц, бывших в контакте с больными менингококковой инфекцией.

МИКРОБИОЛОГИЧЕСКАЯ ДИАГНОСТИКА МЕНИНГОКОККОВОЙ

ИНФЕКЦИИ И ДРУГИХ ГНОЙНЫХ БАКТЕРИАЛЬНЫХ МЕНИНГИТОВ

В связи с тем, что наряду с менингококками, наиболее частыми этиологическими факторами гнойных менингитов могут быть пневмококки, а у детей младшего возраста Н.influenzae и др. возбудители, представляется целесообразным изложение основных дифференциально-диагностических признаков и методов выделения этих микроорганизмов. Менингококки принадлежат к семейству Neisseriaceae роду Neisseria, к группе 4 грамотрицательные аэробные/ микроаэрофильные палочки и кокки и к подгруппе 4 А - аэробы. Род нейссерий включает два вида патогенных микроорганизмов: N.meningitidis и N. gonorrhoeae, остальные представители этого рода являются резидентной флорой слизистых оболочек. К последним относятся пигментообразующие, объединенные в один вид N. subflava, а также N.sicca, N.mucosa, N.flavescens, N.lactamica. Катаральный диплококк выделен в род Moraxella и обозначен как Moraxella (Branhamella) catarrhalis.

Менингококки требовательны к условиям культивирования. При росте требуют повышенной влажности и 5-10% содержания СО2 в воздухе.

Менингококки нуждаются в высокопитательных средах, содержащих нативные белки или кровь животного происхождения. Менингококки очень чувствительны к малейшим отклонениям температуры, посевы следует производить с использованием электрогрелки, после предварительного подогрева питательных сред в термостате. Посевы можно извлекать из термостата не более чем на 30 минут. Патогенные нейссерии мало жизнеспособны во внешней среде. Пересевы способствуют утрате специфических антигенов, что мешает правильной идентификации культур.

Поэтому все дифференциально-диагностические признаки нейссерий желательно изучать одномоментно, у свежевыделенной или претерпевшей 1-2 пересева культуры.

Основой для приготовления сред служат бульоны на основе гидролизата мяса по Хоттингеру, рыбного гидролизата. Приоритетным является использование питательных сред специального назначения с селективными и поливитаминными добавками. Для посева крови и ликвора (в норме стерильные жидкости), обязательно применение питательных сред (менингококк агара, сывороточного агара, 0,1% полужидкого сывороточного агара) лишенных ингибиторов.





Для посева носоглоточной слизи используют питательные среды с ингибиторами. В качестве источника нативного белка рекомендуется применять сыворотку крупного рогатого скота, или лошадиную. Для инактивации комплемента и ферментов сыворотки ее следует прогревать при t 560С в течение 30 мин. Питательные среды, а также сыворотки крови должны быть обязательно проверены на пригодность для культивирования менингококка. Проверку необходимо проводить со свежевыделенной культурой или эталонным штаммом менингококка, хранившимся в высушенном состоянии.

Идентификация вида N.meningitidis основана на комплексе морфологических, тинкториальных, культуральных и биохимических признаков согласно приложения 2 к настоящей Инструкции. Менингококки, как и все нейссерии представляют собой неподвижные кокки, не образующие спор, одиночные или, чаще в парах (соприкасающиеся стороны клеток при этом уплощены). При первом выделении менингококкам свойственен полиморфизм, который проявляется в различной величине и разной интенсивности окрашивания микробных клеток. Колонии менингококков на менингококк агаре и сывороточномагаре бесцветные, круглые с ровным краем, опалесцирующие, выпуклые, имеют маслянистую консистенцию, легко снимаются петлей со среды. Некоторые штаммы, выделенные из спинномозговой жидкости (далее - СМЖ), могут обладать слабой ферментативной активностью в отношении глюкозы или мальтозы или обоих углеводов.

Большинство непатогенных видов нейссерий, в отличие от патогенных, способны при выращивании на сывороточном агаре с 5% сахарозы образовывать крахмалоподобное вещество (полисахарид), выявляемое с помощью водного раствора Люголя, в виде появления бурого окрашивания культуры.

Менингококки делятся на следующие серогруппы: A, B, C, X, Y, Z, 29E, Д, 135W, К, Н. Проведение серологического группирования менингококков является обязательным для практических лабораторий, как одна из мер эпидемиологического надзора за менингококковой инфекцией.

Наличие ферментов оксидазы и каталазы присуще всем нейссериям и М. catarrhalis в отличии от гемофилов и пневмококков, что может служить дифференцирующим признаком при идентификации в сочетании с другими согласно приложения 2 к настоящей Инструкции. При первичном выделении менингококк не способен расти на бессывороточномагаре при t 37 0С. Другой признак – отсутствие роста менингококков на сывороточномагаре при t 20, 220С (но не комнатная t). Это свойство не является постоянным для непатогенных нейссерий, которые при первичном выделении также могут не расти в этих условиях, поэтому оно не оценивается как обязательное при дифференциации бактерий. В отличии от непатогенных нейссерий менингококки не растут на питательных средах с желчью.

Пневмококки и гемофилы, как и менингококки, являются высокотребовательными к культивированию микроорганизмами. В качестве фактора, способствующего их росту используют кровь различного происхождения. Поэтому универсальной средой для всех возбудителей может служить «шоколадный» агар. Заболевания, где этиологическим агентом являются гемофилы, характеризуются воздушно- капельным механизмом передачи, что способствует их широкому распространению.

Среди видов гемофильных бактерий, наибольшей патогенностью обладает Нaemophilus influenzae.

Этот возбудитель имеет несколько специфических сероваров: а, в, с, из которых ведущую роль в этиологии генерализованных гнойно-септических инфекций играет инкапсулированная форма серовара «в» (Нiв), относящейся к биотипу 1.

Для проведения достоверной бактериологической диагностики гнойных бактериальных менингитов необходимо обеспечить забор материала от больных в полном объеме с соблюдением сроков забора, доставки патологического материала и условий транспортировки.

Материал для исследований доставляется в бактериологическую лабораторию немедленно после забора в термоконтейнерах.

При невозможности немедленной доставки рекомендуется использовать коммерческие транспортные системы Стюарта и др., готовые к употреблению, предназначенные для транспортировки требовательных микроорганизмов.

В бактериологическую лабораторию материал доставляется в следующем виде:

ликвор для бактериоскопии, первичного посева и серологических исследований в количестве не менее 2,0 мл;

ликвор в 0,1% полужидком сывороточном агаре (среда обогащения) для бактериологического накопления культуры; 0,5 мл ликвора немедленно у постели больного засевают в 5 мл полужидкого сывороточного агара, подогретого в термостате при температуре 370С;

мазки ликвора для бактериоскопии;

«толстая капля» крови для бактериоскопии;

для посева крови и СМЖ используются коммерческие среды во флаконах с двухфазной средой, одноразовые флаконы со специальной средой для автоматизированной системы BacT/ALERT 3D, двухфазные среды на основе «шоколадного» агара;

кровь в 0,1% полужидком сывороточном агаре (среда обогащения): 5 мл крови засевают в 50 мл 0,1% полужидкого агара, подогретого в термостате при температуре 370С;

кровь в количестве не менее 2,0 мл для серологических исследований.

БАКТЕРИОЛОГИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ СПИННОМОЗГОВОЙ ЖИДКОСТИ БОЛЬНОГО

1-й день исследования. Спинномозговую жидкость в количестве 2-5 мл берут у больного сразу же при поступлении в стационар. С целью недопущения контаминации посторонней микрофлорой взятие ликвора производят, как правило два человека, врач и медицинская сестра, с соблюдением всех правил асептики. Первую порцию СМЖ (около 1 мл) берут в отдельную пробирку для проведения общего ликворологического исследования. Вторую порцию, 1-2 мл предназначенную для бактериологического исследования, забирают в стерильную центрифужную пробирку. Касаться руками краев канюли, иглы и краев пробирки нельзя.

Ватно-марлевую пробку полагается держать на весу за ее наружную часть.

Одновременно готовят два мазка для микроскопического исследования. На поверхность предметного стекла наносят две капли ликвора, мазки высушивают на воздухе. Не следует распределять материал по большой поверхности, так как при этом снижается вероятность обнаружения микроорганизмов. Если немедленно доставить жидкость в лабораторию невозможно, допустимо хранение ее в течение 1-2 часов в термостате при температуре 370 С. Во время транспортировки СМЖ следует тщательно предохранять от охлаждения. СМЖ исследуют немедленно при доставке в лабораторию. Стерильной пастеровской пипеткой со дна пробирки берут 0,3мл материала и по 2-3 капли засевают на поверхность 4 чашек Петри с подогретыми питательными средами. Порядок исследования спинномозговой жидкости приведен в приложении 1.

Одна чашка содержит менингококк агар (без добавок) или сывороточный агар, вторая - «шоколадный» агар, третья – кровяной агар, четвертая – агар Эндо. Посевы с менингококк агаром, сывороточным агаром и «шоколадным» агаром ставят в термостат при 370Си создают условия повышенного содержания СО2 в атмосфере термостата. Посевы с кровяным агаром и агаром Эндо инкубируют при 370Св условиях обычной атмосферы.

Для посева СМЖ наряду с прямым посевом используют коммерческие среды во флаконах с двухфазной средой, одноразовые флаконы со специальной средой для автоматизированной системы BacT/ALERT 3D.

Спинномозговую жидкость, оставшуюся в пробирке, используют для посева на среду «обогащения» (полужидкий сывороточный агар), 0,5 мл жидкости засевают в 5 мл 0,1% полужидкого сывороточного агара, подогретого в термостате при t 370С.

Для прямого выявления в СМЖ антигенов (N.meningitidis А, В, С, H.influenzaetype B(Hib), Str.pneumoniae 83 серотипов) используются коммерческие наборы для латекс-агглютинации.

Оставшийся материал используют для приготовления мазков, окрашивают метиленовым синим и по Граму.

Менингококки в мазке, имеющем голубой фон, выглядят в виде мелких темно-синих, располагающихся по одному, парами или кучками кокков с небольшим бесцветным ореолом среди окрашенных в темно-синий цвет ядер лейкоцитов.

Микроскопия окрашенных мазков спинномозговой жидкости в известной части случаев позволяет установить наличие бактерий, вызывающих гнойный менингит. Н. influenzaeвидна в виде мелких полиморфных грамотрицательных палочек и нитей, окруженных еле заметной нежной капсулой.

Пневмококки имеют вид ланцетовидных грамположительных диплококков, образуют капсулу. Результаты бактериоскопии немедленно сообщают лечащему врачу в виде предварительного ответа.

2-й день исследования. Независимо от результатов бактериоскопии ликвора просматривают засеянные чашки. Во внимание принимают все колонии. Колонии менингококков на менингококк агаре и сывороточномагаре бесцветные, круглые с ровным краем, опалесцирующие, выпуклые, имеют маслянистую консистенцию, легко снимаются петлей со среды, что отличает их от колоний непатогенных нейссерий, имеющих крошащуюся или тянущуюся консистенцию. Использование менингококк агара позволяет получить рост чистой культуры через 18-24 часа.

Менингококковые колонии на «шоколадном» агаре имеют сероватый цвет, с блестящей поверхностью и ровными краями, имеют маслянистую консистенцию, размерами от 0,1 до 3,0 мм. Менингококки не меняют цвета среды.

Чашки с отсутствием роста инкубируют дополнительно одни сутки. Из подозрительных колоний готовят препараты-мазки, окрашивают, ставят биохимические тесты – на оксидазу, каталазу, уреазу. Отношение к окраске по Граму у нейссерий выражено недостаточно четко, они окрашиваются по Граму классическим методом, или с использованием реактива Фортиса и 1% раствора сафранина.

На основании микроскопии мазков из колоний и результатов первичных биологических тестов возможна выдача предварительного ответа.

Если в мазках обнаружены грамотрицательные кокки, это дает право отнести их к роду нейссерий и провести дифференциацию видов.

Биохимическая активность менингококков невелика и из числа многих углеводов они ферментируют только глюкозу и мальтозу с образованием кислоты без газа, не разжигают желатин, оксидазоположительны, каталазоположительны.

Практический опыт показывает преимущество использования коммерческих тест-систем API NH для идентификации микроорганизмов, по сравнению со средами собственного приготовления для определения сахаролитических свойств. Так, время инкубации системы API NH 2 часа при Т 370 вместо 24 часов при классическом методе. При отсутствии тестсистем API NH для определения сахаролитических свойств используют среды собственного приготовления.

В случае положительного результата используется агглютинация с латексными сыворотками А, В, С (Slidexmeningite- Kit 5) и группоспецифическими сыворотками. Используя предложенный метод, окончательный ответ выдается через 24 часа после первичного посева биоматериала.

Определение серогруппы у менингококков проводят в реакции агглютинации на стекле с набором агглютинирующих серогрупповыхантисывороток (серогруппы А, В, С, Х, Y, Z, W-135, 29-Е).

Реакцию проводят только с чистой культурой менингококков, с успехом прошедшей все этапы идентификации. Менингококки серогрупп А, В и С наиболее часто являются причиной возникновения генерализованных форм менингокковой инфекции. Поэтому в первую очередь с антисыворотками к менингококкам этих серогрупп выполняют реакцию агглютинации. На предметное стекло, разделенное маркером на 3 части, наносят физиологический раствор (по капле на каждую часть). Далее стерильной петлей, деревянной палочкой или любым другим аппликатором с поверхности агаровой среды снимают культуру менингококков и тщательно растворяют в каплях физиологического раствора на стекле. После этого, если не выявлено спонтанной агглютинации с физиологическим раствором, в три подготовленные части добавляют антисыворотки А, В и С (по капле) и перемешивают. Учет реакции проводят через 1-2 минуты. Образование крупных хлопьев на фоне полного просветления агглютинационного поля указывает на положительную реакцию специфического воздействия антигена и антитела и позволяет определить серогруппу менингококков. Отсутствие реакции с одной из основных серогрупповыхантисывороток, указывает на необходимость продолжения проведения аналогичных исследований с другими специфическими антисыворотками(Х, Y, Z, W-135,29-Е). Только в том случае, если подтвержденный всеми тестами штамм менингококка не показал положительного результата в реакции агглютинации с полным набором агглютинирующих антисывороток, его следует отнести к категории неагглютинирующего штамма (НА).

Гемофилы на «шоколадном» агаре дают довольно обильный рост с отсутствием гемолиза. Гемофилам присущ резкий специфический запах, исходящий от посевов. Колонии серого цвета, плоские диаметром 0,2-2,0 мм, легко снимаются со среды. В мазках, окрашенных по Граму, видны мелкие короткие грамотрицательные палочки с капсулой разной степени выраженности, а также нити разной длины, и короткие цепочки. На менингококк агаре и сывороточном агареН.influenzae не растет. Крупные (3мм) колонии, содержащие грамотрицательные палочки, подозрительны на энтеробактерии. Candida и P. aeruginosa растут обильно на всех средах, не изменяя цвета «шоколадного» агара.

Колонии пневмококков – мелкие (диаметром 0,1-1,0 мм), иногда плоские, с вдавлением в центре. На «шоколадном» агаре они окружены зоной желто-зеленого гемолиза (тип альфагемолиза). По внешнему виду колонии пневмококков трудно отличить от колоний стрептококков группы В, зеленящих стрептококков, энтерококков (S.faecalis), которые в редких случаях могут вызывать менингит, особенно у детей 1 года. В мазках из колоний пневмококки имеют овальную или шаровидную форму, располагаются парами или в виде коротких цепочек из 2-3 пар.

Если имеется обильный рост одинаковых колоний, то допустим одномоментный отсев на дифференциально-диагностические среды, изучение культуры по ряду признаков и антибиотикочувствительность согласно приложениям 2 и 3 к настоящей Инструкции. Определение чувствительности энтеробактерий и стафилококков проводят на среде MullerHintonAgar. Эта среда служит основой для определения чувствительности к антибиотикам менингококков, при добавлении 20% сыворотки, H. influenzаe и пневмококков – при добавлении крови.

Приготовление питательных сред и постановка теста на антибиотикочувствительность производится в соответствии с действующими указаниями. В приложении 3 к настоящей Инструкции суммировано минимальное число признаков, достаточное для того, чтобы выделенные из СМЖ бактерии предположительно отнести к тому или иному таксону (от семейства до вида) и избрать дальнейший путь идентификации. Возможно использование коммерческих диагностических наборов для выполнения латекс-агглютинационного теста при выявлении гемофилов, пневмококков и стрептококков непосредственно с чашки первичного посева. В этом случае возможна выдача окончательного ответа.

Колонии, подозрительные на менингококки, отсевают на менингококк агар (без добавок) или сывороточный агар и бессывороточныйагар и инкубируют в термостате при 370С в условиях повышенного содержания СО2. Колонии, подозрительные на пневмококки и др. стрептококки, отсевают на 2 сектора кровяного агара (с 5% крови) для последующего определения чувствительности к желчи и определения чувствительности к антибиотикам.

Если число выросших колоний мало (1-2), то их отсевают на чашку Петри с менингококк агаром (без добавок) или сывороточный агар для накопления микробной массы, идентификацию микробов проводят еще через одни сутки.

При гнойных менингитах у новорожденных и детей раннего возраста, а также изредка и в других возрастных группах, помимо трех перечисленных видов микроорганизмов этиологическим фактором могут быть энтеробактерии (E.coli, S. marcescens, K.pneumoniae, Salmonella, Citrobacter, Enterobacter), синегнойная палочка (P.aeruginosa), Acinetobactercalcoaceticus, Listeriamonocytogenes), различные стрептококки – гемолитические группы В, «зеленящие» и энтерококки, а также стафилококки (золотистый и эпидермальный) и грибы рода Candida.

При подозрении на энтеробактерии, синегнойную палочку, стафилококк и Ac.calcoaceticus проводят исследования в соответствии с имеющимися методическими материалами.

При подозрении на листерии в этот день, если число колоний позволяет, ставят ряд проб, а также тест на чувствительность к антибиотикам. Для L. monocytogenes помимо признаков, указанных в приложении 3 к настоящей Инструкции, характерно: подвижность при комнатной температуре, разложение мальтозы, глюкозы, инактивность по отношению к дульциту, манниту, сорбиту и арабинозе. Сахароза и глицерин разлагаются медленно. L. monocytogenes образует краевую зону гемолиза на агаре с 5% бараньей крови, разлитой слоем 3 мм.

Для идентификации Сandidaalbicans делают посев из подозрительных белых выпуклых колоний, состоящих их дрожжевых клеток, на среду Сабуро или мясо-пептонныйагар, содержащий по 100 МЕ/мл пенициллина и стрептомицина.

Если прямой посев в питательную среду не дал роста, то делается высев из инкубированной в термостате при 370С СМЖ в полужидком агаре (среда «обогащения») на чашки Петри с менингококк агаром (без добавок) или сывороточным агаром и «шоколадным» агаром. На полужидкой питательной среде (0,1% полужидкий сывороточный агар) менингококки вызывают интенсивное помутнение в верхней части столбика среды При отрицательных результатах высев со среды «обогащения»

повторяют через 1-2 дня в течение 7 дней инкубации в термостате.

При получении роста колоний исследование их проводят тем же путем, что и при прямом посеве спинномозговой жидкости.

3-й день исследования. Культуры, отсеянные из отдельных колоний, просматривают и готовят мазки. При обнаружении морфологически типичных грамотрицательных кокков, проводят идентификацию согласно приложению 2 настоящей Инструкции, проводят серогруппирование идентифицированной культуры, а также используют эту культуру для определения чувствительности к антибиотикам.

Учитывают результаты посевов, сделанных на 2-й день исследования.

На этом этапе возможна выдача окончательного положительного ответа.

Для дифференциации пневмококков, зеленящих и фекальных стрептококков (энтерококков) после микроскопии чистых культур на секторах кровяного агара учитывают характер гемолиза вокруг выросших колоний и ставят дополнительные пробы согласно приложению4 настоящей Инструкции.

На один из двух секторов кровяного агара с ростом колоний накладывают диск из фильтровальной бумаги, пропитанной 20% раствором желчи (на физиологическом растворе), после чего чашку помещают при 370С на 1-2 часа. По истечении этого времени вокруг диска колонии пневмококков лизируются, образуя зону отсутствия роста шириной 1-2 мм, в то время как рост прочих стрептококков остается интактным. При положительной пробе чувствительности к желчи, при условии типичной морфологии клеток и колоний, можно дать положительный ответ о выделении пневмококков. Рост культуры на 2-м секторе кровяного агара используют для постановки пробы на чувствительность к антибиотикам.

При отрицательных результатах пробы на чувствительность к желчи, рост на 2-м секторе используют не только для испытания чувствительности к антибиотикам, но и для постановки ряда тестов, дифференцирующих стрептококки согласно приложения4 настоящей Инструкции.

В этот же день ставят пробы для идентификации других возможных возбудителей.

4-й день исследования. Учитывают результаты посевов с целью дифференциации менингококков от непатогенных нейссерий и M.catarrhalis и чувствительности к антибиотикам. Культуру менингококков, выросшую на менингококк агаре или сывороточном агаре при температуре 370С, можно использовать для серологической идентификации менингококков в реакции агглютинации, а также для определения чувствительности к антибактериальным препаратам. Учитывают результаты проб на антибиотикочувствительность и прочие свойства у других возбудителей, выдают окончательный положительный ответ. При выделении возбудителя только с помощью метода обогащения окончательный положительный ответ выдается позднее (в зависимости от длительности инкубации «обогащенных» посевов в термостате).Процедура исследования должна быть описана в журнале по форме, приведенной в приложении 5.

БАКТЕРИОЛОГИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ КРОВИ

При подозрении на менингококкцемию или сепсис проводят бактериологическое исследование крови. В качестве экспресс-метода диагностики рекомендуется приготовление мазка «толстой капли» крови на менингококк, взятой из вены или пальца.

Приготовление и окрашивание «толстой» капли крови:

На середину предметного стекла пипеткой наносят каплю крови или прикладывают стекло непосредственно к капле, выступающей из пальца.

Нанесенную на стекло кровь распределяют стеклянной палочкой так, чтобы диаметр образующегося мазка соответствовал величине копеечной монеты. Стекло оставляют в горизонтальном положении до подсыхания крови. Кровь в «толстой» капле распределяется неравномерно, образуя неровные края. Окраску мазка производят водным раствором метиленового синего.

В препарате «толстой капли» менингококки имеют преимущественно такую же морфологию, как в спинномозговой жидкости, но чаще располагаются поодиночке, имеют более круглую форму. В мазке, имеющем голубой фон, хорошо видны окрашенные в темно-синий цвет лейкоциты и между ними множество мелких, темно-синих, располагающихся кучками, парно и по одному, кокков, как вне-, так и внутриклеточно. Результаты бактериоскопии немедленно сообщают лечащему врачу в виде предварительного ответа.

Несколько капель крови, взятой стерильно из вены, засевают на чашки с менингококк агаром (без добавок) или сывороточным агаром, «шоколадным» агаром, кровяным агаром, агаром Эндо, а затем на 0,1% полужидкий сывороточный агар в отношении 1:10, т.е. 1-2 мл крови засевают в пробирку с 7-10 мл полужидкого агара или 5-10 мл крови засевают во флакон с 50 мл питательной среды, подогретой до 370С или двухфазную среду на основе «шоколадного» агара.

Посев крови выполняют во флаконы с «двухфазной»

питательной средой в соотношении крови к жидкой фазе 1:10 для уменьшения бактерицидного эффекта человеческой сыворотки.

«Двухфазная» питательная среда содержит Х,V факторы роста и витамины. На ней хорошо растут менингококки, пневмококки, гемофильные палочки и другие менее требовательные к составу питательной среды микроорганизмы. Засеянную в отделении кровь доставляют и инкубируют в течении 5 суток при температуре 37оС.

Посевы ежедневно просматривают на наличие микробного роста.

Признаками микробного роста на «двухфазной» среде служит помутнение жидкой среды, наличие хлопьевидного осадка, газообразование, образование пленки. Часто изменения «жидкой» фазы среды сопровождается ростом колоний на «плотной» фазе среды. После суточной инкубации материал высевают на менингококк агар (без добавок) или сывороточный агар и «шоколадный» агар, чашки инкубируют при 37С в атмосфере повышенного содержания СО2, кровяной агар, среду Эндо, инкубируют при температуре 37С в условиях обычной атмосферы.

В связи с тем, что рост некоторых микробов не приводит к визуально заметным изменениям прозрачности и цвета жидкой фазы питательной среды рекомендуется выполнить посев на «шоколадный»

агар через 48 часов инкубации, даже, несмотря на отсутствие признаков микробного роста во флакон.

Выделение и идентификацию гемокультур проводят так же, как и при исследовании спинномозговой жидкости.

Для посева крови также используются коммерческие среды во флаконах с двухфазной средой, одноразовые флаконы со специальной средой для автоматизированной системы BacT/ALERT 3D.

БАКТЕРИОЛОГИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ НОСОГЛОТОЧНОЙ СЛИЗИ НА МЕНИНГОККОКИ

Порядок исследования носоглоточной слизи приведен в приложении 1.

При обследовании лиц, бывших в контакте с больными менингококковой инфекцией, посев производится только на сывороточный агар с добавлением в него антибиотиков.

1-й день исследования. Исследуемый материал– слизь с задней стенки носоглотки – берут натощак или через 3-4 часа после еды стерильным ватным заглоточным тампоном, укрепленным на изогнутой проволоке. Материал берут с обязательным надавливанием шпателем на корень языка. Тампон вводят концом к верху за мягкое небо в носоглотку и проводят 2-3 раза по задней стенке. При извлечении тампон не должен касаться зубов, слизистой щек, языка и язычка. У детей до года рекомендуется забирать материал из носа специальным тонким тампоном.

Материал может быть засеян на месте его взятия на чашку Петри с питательной средой, или погружен в пробирку с транспортной средой или взят смоченным тампоном. При отсутствии возможности доставить материал в лабораторию в течение 1-2 часов также необходимо применять 0,1% полужидкий сывороточный агар с ингибитором. Взятая слизь немедленно (или не позднее 1 часа после забора при условии транспортировки тампонов при t=370С в термоконтейнерах) засевается на подогретые питательные среды.

Приоритетным является использование менингококк агара с селективными и поливитаминными добавками. Если нет такой возможности, то забор производить на транспортную систему Стюарта или другую транспортную систему, предназначенную для транспортировки требовательных микроорганизмов.

При посеве на чашку материал втирают по поверхности небольшого участка (1х2 см) среды всеми сторонами тампона, затем этим же тампоном засевают штрихами (с отрывом) по всей площади, отведенной для посева.

Используют сывороточный агар с добавлением в него антибиотиков, подавляющих рост грамположительных кокков. Для этой цели применяется ристомицин или линкомицин в оптимальной концентрации. На одну чашку можно засеять две пробы. Однако встречаются отдельные штаммы менингококков, более чувствительные к линкомицину, поэтому те же пробы одновременно засевают на половину чашки с сывороточным агаром без линкомицина. При отсутствии линкомицина или ристомицина можно использовать диски с этими антибиотиками. Диски (не более 2-х) накладывают непосредственно на поверхность засеянного сывороточного агара. В этом случае на 1 чашку сеют только одну пробу. Через сутки вокруг диска, в зоне 1см, рост грамположительной флоры будет подавлен, что увеличивает возможность выделения колоний нейссерий. Засеянные чашки доставляют в лабораторию, в термоконтейнерах и немедленно помещают в термостат. Тампоны с исследуемым материалом, погруженные в транспортные среды, доставляют в лабораторию, тщательно защищенными от охлаждения. Смоченные тампоны, или тампоны в транспортной бульонной среде, или в 0,1% полужидком сывороточном агаре с ингибитором засевают на чашку с менингококк агаром или сывороточным агаром, лишенными ингибитора, без предварительного проращивания.

Посев делают отжатым тампоном, как описано выше. Засеянные чашки помещают в термостат при температуре 370С. Для создания условий культивирования используется термостат – СО2 инкубатор, создающий параметры среды – Т 370, влажность – 95%, СО2 –6% или разовые коммерческие газовые системы для инкубации единичных посевов, возможно использование эксикатора со свечой. Инкубация чашек проводится 18-24 часа. При транспортировке материала в течение 1-2 часов применение транспортных сред не рекомендуется. При транспортировке в течение 2-4 часов уместно применение тампонов, смоченных питательной средой. При транспортировке в течение 3-х часов и более используют транспортную среду. Обязательно использование термоконтейнера.

2-й день исследования. Просматривают чашки, засеянные накануне.

На средах с ингибиторами вырастают только грамотрицательные бактерии, преимущественно представители нейссерий. Подозрительные колонии отсевают на секторы чашки с сывороточным агаром или менингококк агаром (без добавок), отсевают не менее 3-5 колоний. Внешний вид колоний менингококков описан выше. Использование менингококк агара позволяет получить рост чистой культуры на чашке через 18-24 часа. При наличии чистого роста подозрительных колоний готовят мазки, окрашивают.При обнаружении в мазках грамотрицательных диплококков проводят биохимическую, серологическую идентификацию и определение чувствительности выделенной культуры к антибиотикам, также, как и при исследовании СМЖ.

3-й день исследования. Изучают рост чистых культур, отсеянных из отдельных колоний в предыдущий день. Культуры, колонии которых имеют желтый пигмент различной интенсивности, а также характеризующиеся «сухим» ростом, отбрасывают. Следует иметь в виду, что на менингококк агаре и сывороточном агаре колонии менингококков могут выглядеть желтоватыми из-за оттенка среды. Поэтому для обнаружения пигмента их необходимо просматривать при дневном освещении.

Для дальнейшего исследования на менингококки оставляют только непигментированные культуры, дающие нежный влажный рост. Из них готовят мазки, проводят микроскопию чистой культуры. В первых генерациях для менингококков характерны полиморфизм и вариабельность окраски, что не наблюдается у непатогенных нейссерий. После микроскопии дальнейшую идентификацию культур проводят по выше описанным тестам.

Если рост культуры из отсеянных колоний достаточно обильный, то ставят реакцию агглютинации с группоспецифическими сыворотками.

4-й день исследования.Просматривают посевы. Учитывают результаты роста на бессывороточном и желчном агаре (при температуре 370С), сахаролитическую активность, ставят реакцию с водным раствором Люголя на продукцию полисахарида, проводят окончательную серологическую идентификацию менингококков по реакции агглютинации.

В это же день выдают окончательный положительный или отрицательный ответ.

ИССЛЕДОВАНИЕ ТРУПНОГО МАТЕРИАЛА

Патологоанатомическое вскрытие желательно проводить в наиболее ранние сроки после смерти. Для бактериологического исследования направляют кровь, ликвор, кусочки головного мозга (или гной, взятый тампоном с мягкой мозговой оболочки, в случаях менингококцемии– из печени, селезенки, легкого, надпочечников и т.д.).

Кровь берут стерильно из правого сердца, после вскрытия скальпелем, с помощью стерильной пастеровской пипетки с отсосом в количестве 7-10 мл. Из них 2-3 мл засевают в 25 мл 0,1% полужидкого сывороточного агара, а оставшиеся 5-7 мл используют для других исследований (серологических, и т.д.). Для посевов можно использовать также сгустки крови из крупных сосудов.

Ликвор берут стерильной пипеткой из околооболочечного пространства (во время извлечения головного мозга из полости черепа), в стерильную пробирку в количестве 3-5 мл и немедленно высевают на чашки с питательными средами.

В количестве 0,1 мл исследуемый материал наносят в центр чашки и распределяют по ее поверхности покачиванием, растирать не рекомендуется.

Бактериологическое исследование ликвора и крови проводят в соответствии с главами 3 и 4 данной инструкции. При этом к набору питательных сред следует добавить чашку менингококк агара или сывороточного агара с антибиотиком.

Гной с мозговых оболочек берут стерильным ватным тампоном и засевают газоном или штрихами на чашки с «шоколадным», менингококк агаром, или сывороточным агаром, кровяным агаром, агаром Эндо и в пробирку со средой обогащения, делают 2 мазка на предметных стеклах, один из которых красят метиленовым синим, другой – по Граму.

Для взятия материала из мозга и других органов к месту разреза прикасаются раскаленным шпателем, материал берут из глубины разреза стерильным ватным тампоном. Посев производят обычным способом на те же плотные и жидкие питательные среды. Выросшие культуры дифференцируют в соответствии с главой 3 данной инструкции.

Помимо посевов из мозга, целесообразно проводить изучение мазков отпечатков с поверхности мягких мозговых оболочек. После просушивания и фиксации над пламенем горелки (при длительном хранении

– в ацетоне) мазки окрашивают и просматривают.

СОХРАНЕНИЕ И ТРАНСПОРТИРОВКА ВЫДЕЛЕННЫХ КУЛЬТУР

Идентифицированные культуры уничтожают или передают для подтверждения в национальную лабораторию. N.meningitidis, Str.pneumoniae быстро гибнут во внешней среде. Их можно сохранить в течение 5-6 недель методом посева на столбики из оптимальных для каждого микроорганизма питательных сред: N.meningitidis– сывороточный агар, для Str.pneumoniae– кровяной агар. Культуру засевают уколом в столбики и ставят в термостат при температуре 370С. Через 24 часа при появлении роста культуры по ходу укола и в виде бляшки на поверхности среды в пробирку наливают 1,5-2 мл стерильного вазелинового масла и в таком виде хранят, транспортируют, не допуская охлаждения.

Засеянный материал из одной пробирки можно использовать многократно для пересева. N.meningitidis можно сохранять в 0,1% полужидком агаре. Для сохранения культуры пневмококков ее засевают на скошенный кровяной агар и выращивают в течение 4-6 дней при температуре от +40 до +220С. Для получения свежей культуры с поверхности засеянного агара делают соскоб петлей и пересевают на свежую среду такого же состава, ставят в термостат на сутки при температуре 370С.

Группоспецифическая активность менингококков сохраняется в течение 2-х недель, а пневмококков – 1 недели.

H.influenzae также быстро гибнет. Жизнеспособность гемофилов можно продлить до 1 месяца, для чего делают обильный посев на скошенный «шоколадный» агар и после суточной инкубации создают полную герметизацию. Такую культуру для пересева используют однократно.

Дегерметизация приводит к гибели субкультуры.

СРОКИ ВЫДАЧИ ОТВЕТОВ И ИХ ФОРМУЛИРОВКА

При бактериологическом исследовании ликвора и крови сроки выдачи ответов таковы:

На 1-й день на основании прямой бактериоскопии ликвора и толстой капли крови дают предварительный ответ. Сообщают лечащему врачу о результатах бактериоскопии. При использовании экспресс-метода детекции возбудителей сообщают результаты молекулярно-биологического метода (ПЦР) или прямой латекс-агглютинации.

На 2-й день выдают ответ предварительного или окончательного характера, в зависимости от результатов исследования. При росте бактерий, типичных по морфологическим, культуральным и биохимическим свойствам выдают ответ о принадлежности к тому, или иному семейству, роду, виду. При использовании методов экспресс-диагностики возможна выдача окончательного ответа.

На 3-й день на основании культурально-биохимических свойств бактерий, отсеянных с чашки на 2-й день, выдают окончательный ответ.

В этот же день может быть выдан предварительный ответ о росте (или его отсутствии) бактерий в результате высева из среды обогащения.

На 4-й день может быть выдан окончательный ответ о видовой принадлежности нейссерий, выросших при прямом посеве, а также других бактерий. В следующие дни (вплоть до 7-8 дня), выдается окончательный ответ, полученный в результате высева из среды обогащения.

При исследовании отпечатков – кусочков ткани трупного материала, крови, жидкости из полостей на основании бактериоскопии дают предварительный ответ. Окончательный ответ выдается не ранее 8-го дня с момента посева исследуемого материала.

При бактериологическом исследовании слизи из носоглотки, не позднее четвертого дня исследования, при выделении культуры менингококка выдают только окончательные ответы, со следующей формулировкой: «В носоглоточной слизи обнаружены менингококки серогруппы… или нетипируемые».

При отсутствии роста менингококков в посевах выдают отрицательный ответ: «В носоглоточной слизи менингококки не обнаружены».

ПРИГОТОВЛЕНИЕ КРАСОК, ПИТАТЕЛЬНЫХ СРЕД,

ОПИСАНИЕ МЕТОДОВ

Приготовленные среды годны к употреблению только в течение 48 часов при хранении их в холодильнике. Перед посевом чашки, хранившиеся в холодильнике, должны быть подсушены и подогреты до температуры 370С.

Сывороточный агар В качестве основы используют 1,2-1,5% агар (рН=7,4), приготовленный на бульоне из рыбного гидролизата, бульоне из перевара Хоттингера (аминный азот в бульоне 150-180мг/мл или на сухом питательном агаре специального назначения. К 80мл расплавленного и остуженного до t 50 0С агара добавляют 20мл инактивированной сыворотки.

Сывороточный агар с ристомицином К 80 мл расплавленного и остуженного агара (основа для приготовления сывороточного агара) добавляют 20 мл сыворотки и 0,1 мл раствора ристомицина, содержащего 20000 ед/мл (конечная концентрация антибиотика 20 ед/мл питательной среды).

В связи с испытываемыми трудностями в снабжении ристомицином рекомендуется простой метод, позволяющий экономно расходовать антибиотик. Препарат разводят стерильным физиологическим раствором до рабочей концентрации и затем разливают по стерильным пенициллиновым флаконам или центрифужным пробиркам под ватными или резиновыми пробками и замораживают в морозильной камере. Количество рабочего раствора во флаконах или пробирках зависит от потребности лаборатории.

Рабочий раствор сохраняют в морозильной камере до момента использования. В случае необходимости раствор оттаивают и добавляют в среду. Например, во флакон, содержащий 100 мг (100 000 ед.) ристомицина, вносят 5 мл стерильного физиологического раствора. Полученное разведение препарата является рабочим. Его удобно разлить по 0,5 мл и заморозить. В таком состоянии препарат может храниться несколько месяцев.

Сывороточный агар с линкомицином

К 80 мл расплавленного и остуженного агара добавляют 20 мл сыворотки и 0,5 мл раствора линкомицина в концентрации 1000 мкг/мл.

Конечная концентрация антибиотика в среде – 5 мкг/мл питательной среды.

Раствор линкомицина можно хранить при температуре +40С в течение 6 месяцев.

Желчно-сывороточный агар 5,0 сухой бычьей желчи растворяют в 100,0 мл дистиллированной воды, фильтруют через ватно-марлевый фильтр, доводят рН до 7,2-7,4, стерилизуют текучим паром 3 дня подряд. К 80 мл расплавленного и охлажденного до 500С питательного агара добавляют 4,0 мл стерильного раствора желчи, перемешивают, затем добавляют 20,0 мл сыворотки животных, снова хорошо перемешивают и разливают по чашкам Петри.

Конечная концентрация желчи в среде – 0,2%. Посев испытуемых культур нейссерий производят штрихами на сектора чашки Бульон для приготовления смоченных тампонов Бульон готовят на любой питательной основе с добавлением 20% сыворотки животных и ристомицина из расчета 20 ед/мл. среды. Для отбора материала используют ватные тампоны на алюминиевых стержнях, вмонтированные в пробирку. Перед выездом за материалом тампоны пропитывают бульоном из расчета 10-12 тампонов в 5 мл бульона, соблюдая стерильность. Тампоны помещают в контейнеры, где поддерживается температура 33-400С. Длительность транспортировки материала с момента взятия до посева в питательную среду не должна превышать 3-х часов.

Приготовление жидких транспортных средс линкомицином Используют любой питательный бульон или 2% пептонную воду рН= 7,2-7,6. К 100 мл стерильного бульона добавляют 0,5 мл линкомицина в концентрации 1000 мкг/мл. Конечная концентрация линкомицина– 5 мкг/мл. Среда сохраняется в холодильнике не более 2-х суток. Непосредственно перед взятием носоглоточной слизи (можно в помещении, где находятся обследуемые лица) среда без огня разливается по 1,0 мл в стерильные пробирки. Перед погружением тампона пробку извлекают, тампон вставляют в пробирку так, чтобы материал был погружен в среду; пробирку со вставленным тампоном снова закрывают. Пробирки транспортируют в вертикальном положении. При доставке в лабораторию тампоны отжимают о стенки пробирки и производят посев на сывороточный агар без антибиотиков в чашки Петри. На одной чашке можно разместить 2 посева.

Транспортные среды с линкомицином применяют при отсутствии возможности доставить материал в лабораторию в течение 3 часов.

Определение продукции полисахаридов на агаре с 5% сахарозы К обычно употребляемой плотной среде для культивирования менингококков добавляют 5% сахарозы, среду разливают в чашки Петри, добавив 20% сыворотки. Производят густой высев культуры петлей сектором, на одну чашку можно посеять несколько штаммов. Через 48 часов инкубации в термостате на поверхность выросшей культуры наносят 1 каплю водного раствора Люголя, обычно употребляемого при окрашивании мазков по Граму. Реакция считается положительной при образовании бурого окрашивания выросшей культуры.

Менингококк агар Основа агара для выделения гонококка (М 434 HiMedia или BioMerieux, или BectonDickinson) 36 г/л стерилизуем 1,1 атмосфер 15 минут.

Остудить до 55-500С и добавить: из расчета на 400,0 мл среды 100,0мл сыворотки лошадиной. Витаминную ростовую добавку (FD 025 HiMedia)- 1 флакон. Селективную добавку (FD 021 HiMedia) -1 флакон.

Разлить в боксе по чашкам.

«Шоколадный» агар На 0,5 литра дистиллированной воды взять 36 г сухой основы (BD, TM Difco ChocolateAgarBase (GC Medium), P/N: 228950), нагреть до полного растворения агара и разлить во флаконы. Стерилизовать в автоклаве при 121С 15 минут.

Отдельно приготовить Hemoglobin (BD BBLTMHemoglobin, P/N:

212392), на 0,5 литра дистиллированной воды взять 10 г гемоглобина, растворить и разлить по флаконам. Стерилизовать в автоклаве при 121С 15 минут.

Остудить основу до 45-50С. Затем в асептических условиях соединить полученные 2 среды в равных частях, т.е. 1: 1. Хорошо перемешать и разлить в чашки Петри.

«Шоколадный» агар Состав: 2% мясо-пептонный агар (МПА), 10% крови, 5% дрожжевого экстракта от объема МПА, pН 7,4-7,6.

К охлажденному до t=75C МПА асептически добавляют половину необходимого объема крови, тщательно перемешивают и нагревают 3-5 минут на водяной бане при t=80C, непрерывно помешивая. Остужают до t=75C и добавляют вторую часть крови и снова нагревают в течение 3-5 минут до t=80C непрерывно помешивая. Остужают при комнатной температуре до t=45-50C и добавляют стерильный дрожжевой экстракт.

Агар тщательно взбалтывают и разливают по пробиркам и/или чашкам Петри. Готовую питательную среду хранят в холодильнике, избегая высушивания, не более 2-х недель.

«Шоколадный» бульон Состав: основа питательный бульон pН 7,4-7,6.

Приготовление аналогично приготовлению «шоколадного» агара.

Пример: на 180 мл питательного бульона добавляют 18 мл крови (9 мл эритроцитарной крови и 9 мл сыворотки крупного рогатого скота) и 9 мл дрожжевого экстракта.

2-х фазная среда для посева крови и спинномозговой жидкости Приготовление: твердая фаза «шоколадный» агар, разлитый и скошенный в стерильных флаконах в условиях бокса (50 мл). Жидкая фаза шоколадный» бульон (50 мл), асептично добавленный во флаконы с застывшим скошенным «шоколадным» агаром.

Кровяной агар В качестве основы для приготовления кровяного агара используют колумбийский агар, агар для бруцелл, основу для кровяного агара (Bloodagarbase), эритрит – агар. Оптимальный рН среды – 7,2.

В готовую основу, охлажденную до 45С добавить 5% крови, разлить в стерильные чашки Петри.

Вероятность выделения патологического агента увеличивается при использовании селективных сред агарColumbia CNA и других аналогичных, в которую добавляется смесь антибиотиков ванкомицина, колистина и нистатина (ингибируют контаминантную флору).

Кровь необходима не столько для обогащения среды нативными белками, сколько для использования возможности идентификации гемолитической реакции возбудителя.

Цитратная кровь непригодна для исследования.

Рецепт сред с углеводами для биохимической идентификации менингококка Среды с углеводами готовят на той же питательной основе, что и для менингококк агара, или сывороточного агара.

PH сред для менингококка должен быть 7,4.

К 75 мл агаровой основы добавляют 0,9г одного из углеводов (глюкоза, мальтоза, сахароза, лактоза, фруктоза) и 3,9 мл раствора индикатора фенолового красного (см. рецепт ниже). Агар стерилизуют текучим паром 3 дня по 30 минут или однократно в течение 30 минут при 0,5 атм.

Перед употреблением среду растапливают в водяной бане, охлаждают до температуры 48-50 0, добавляют 20 мл инактивированной нормальной сыворотки и разливают в чашки. На 1 чашку можно посеять не более 6 культур. Сектор с посевом должен быть узким, у основания не более 1 см, а расстояние между ними не менее 2-3 см.

Таким образом, каждую культуру засевают на 5 чашек с различными углеводами. Учет результатов производят через 24 часа инкубации в термостате. При разложении какого- либо углевода с образованием кислоты красный цвет среды в секторе посева меняется на ярко-желтый.

Приготовление раствора индикатора фенолового красного (фенол-рот).

Смешивают 0,4 г порошка фенол-рот с 16 мл 0,1 NaOH и выдерживают в термостате до полного растворения при частичном встряхивании. Затем раствор доводят до объема 200 мл дистиллированной водой, разливают во флаконы и стерилизуют при одной атмосфере в течение 20 мин.

Полужидкий агар для хранения культур и обогащения ликвора К 4мл 0,1% полужидкого питательного агара (рН–7,4), приготовленного на бульоне из перевара Хоттингера или рыбного гидролизата, добавляют 1мл инактивированной сыворотки. Эту среду используют для обогащения спинномозговой жидкости и крови. Для хранения культур внесение сыворотки не целесообразно.

Плотный агар для хранения культур под вазелином Сывороточный агар, используемый для посева на чашках, разливают в пробирки столбиком. Культуру засевают уколом и ставят в термостат на сутки. При появлении роста по ходу укола и в виде бляшки на поверхности среды в пробирку заливают 1,5-2,0мл стерильного вазелинового масла.

Культуры под вазелином можно хранить без пересева до 3 месяцев (в термостате, или при комнатной температуре) Приготовление полужидкой среды обогащения для носоглоточной слизи На 500мл 0,1% полужидкого сывороточного агара добавляют ингибитор, 1 флакон селективной добавки с антибиотиками – FD 021 HiMedia. Среду разливают в пробирки по 3 мл, выдерживают 2 суток в термостате для контроля и затем хранят в холодильнике.

Приготовление полужидкой среды обогащения для носоглоточной слизи К 80 мл полужидкого питательного агара добавляют 20 мл любой сыворотки и 0,1 мл раствора ристомицина, содержащего 20 000 ед/мл (конечная концентрация 20 ед/мл питательной среды). Среду разливают в пробирки по 3 мл, выдерживают 2 суток в термостате для контроля и затем хранят в холодильнике.

Тест с оптохином Пневмококки в основном чувствительны к оптохину, в то время как другие стрептококки, в частности а-гемолитические стрептококки, не чувствительны. Эта особенность позволяет быстро дифференцировать их на две группы. Тест выполняется с помощью стандартных дисков с оптохином.

Методика постановки теста.

Посев проводится газоном на агар с кровью (сливной рост колоний).

Положить диск с оптохином на поверхность чашки. Инкубировать 18-24 часа при 370С в атмосфере, обогащенной СО2.

Учет результатов.

Рост пневмококков ингибируется оптохином, зона ингибиции вокруг диска равна или превышает 15 мм. Если диаметр ниже 15 мм, необходимо использовать дополнительные тесты, например Slidexpneumo-Kit (BioMerieux). Примерно 5% пневмококков резистентны к оптохину.

Некоторые штаммы стрептококков, обозначаемые как «viridans» могут ингибироваться оптохином.

BLTM V-C-N Inhibitor. Ингибитор ВКН. Смесь антибиотиков, ванкомицина, колистина и нистатина. Добавляется в среды для первичного выделения патогенных нейссерий, ингибирует контаминантную флору.

Способ окрашивания мазков метиленовым синим:

Водный раствор метиленового синего готовят 1% или 1:300 на холодной дистиллированной воде. Окраску мазка производят водным раствором метиленового синего в течение 2-3 минут без предварительной фиксации. Лишнюю краску осторожно смывают слабой струей водопроводной воды. Подсушивают мазок на воздухе. Смотрят под иммерсией.

Окраска по Граму с использованием реактива Фортиса и 1% раствора сафранина:

окрашивают препарат бумагой по Синеву 1-2 минуты;

смывают краску раствором Люголя;

обрабатывают препарат раствором Люголя 1-2 минуты;

смывают раствор Люголя йод-ацетоном;

обесцвечивают препарат йод-ацетоном 30 секунд;

промывают препарат водой;

докрашивают 1% раствором сафранина 2 минуты;

промывают водой, просушивают, микроскопируют.

Для приготовления обесцвечивающего раствора йод-ацетона необходимы реактив Фортиса (йод кристаллический -10 гр., йодистый калий

– 6 гр., спирт – 90мл) -3,5 мл и ацетон – 96,5 мл.

МЕТОДЫ СЕРОЛОГИЧЕСКОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ МЕНИНГОКОККОВ ИЛИ ИХ АГЕНТОВ

Метод серологической идентификации возбудителей.

Для серологического группирования менингококков используется агглютинация с латексными сыворотками А, В, С (Slidexmeningite- Kit 5BioMerieux) и группоспецифическими сыворотками (С – Петербург).

Исследования проводятся согласно инструкции производителя.

Экспресс-метод детекции возбудителей инфекции в СМЖ – реакция латексной агглютинации (РЛА).

Для прямого выявления возбудителей в исследуемом материале используются коммерческие наборы для латекс-агглютинации.

Исследования проводятся согласно инструкции производителя.

Реакция латекс-агглютинации (экспресс-метод).

Наиболее простым методом, не требующим сложного оборудования и дорогостоящих реактивов, является метод латекс-агглютинации, позволяющий в течение 15 минут дать заключение об отсутствии или наличии в СМЖ больного специфических антигенов. Реакцию проводят при наличии признаков гнойного воспаления в ликворе и или при бактериоскопическом обнаружении в нем возбудителей. Предварительно СМЖ необходимо прогреть в течение 5 минут при 100С и отцентрифугировать при 1500-2000 об/мин. Для проведения реакции используют прозрачную надосадочную жидкость. Одну каплю каждого латексного реактива (предварительно реактивы рекомендуется тщательно встряхнуть) наносят на специальные бумажные карты, приложенные к набору. Затем добавляют 30 мкл СМЖ (надосадочная фракция) к каждой капле латексного реактива. Перемешивают чистым аппликатором.

Осторожно покачивают бумажную карту. Агглютинация в течение 2-х минут с одним из латекс-диагностических препаратов свидетельствует о присутствии в испытуемом образце специфического антигена. Для выполнения реакции используют наборы латекс-диагностических препаратов.

ПРИГОТОВЛЕНИЕ И СТЕРИЛИЗАЦИЯ ТАМПОНОВ

ДЛЯ ВЗЯТИЯ НОСОГЛОТОЧНОЙ СЛИЗИ,

СОЗДАНИЕ УСЛОВИЙ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ

Для взятия носоглоточной слизи используют ватные тампоны, укрепленные на металлической проволоке. Лучше всего применять проволоку из малоокисляемого металла (алюминия) диаметром 2-3 мм.

Проволоку изгибают под углом 1350С на расстоянии 1-2 см от конца, на который накручивают ватный тампон, 5-10 таких проволок заворачивают в бумагу и автоклавируют при 0,5 атм 30 мин, а затем стерилизуют в сухожаровом шкафу при 1600С 1 час. Используя данный метод стерилизации, тампоны могут храниться в течение 3-х недель. Можно использовать также стерильные ватные тампоны на проволоках, вмонтированных в пробирку.

Для создания условий культивирования используется термостат – СО2 инкубатор, создающий параметры среды – Т 37С, влажность – 95%, СО2 – 6% или разовые коммерческие газовые системы для инкубации единичных посевов.

Можно использовать любой сосуд с притертой крышкой, например, эксикатор. Засеянные чашки помещают внутрь сосуда вверх дном, там же укрепляют зажженную свечу высотой 2-3 см и закрывают крышкой, которой может служить и простое большое стекло. К моменту затухания свечи в сосуде создается повышенная концентрация СО2 (7-10%). После этого сосуд с посевами помещают в термостат.

–  –  –

ГЕНОДИАГНОСТИКА БАКТЕРИАЛЬНЫХ МЕНИНГИТОВ

Основными возбудителями гнойных бактериальных менингитов (далее

– ГБМ) являются бактерии видов Neisseriameningitidis, Streptococcuspneumoniae, Haemophilusinfluenzae, обуславливающих 88,9 – 95,0 % менингитов. Относительный вклад того или иного вида бактерий в заболеваемость ГБМ зависит от многих факторов: эпидемической обстановки, региона, возрастной группы больных и др. По данным российских авторов 65% случаев ГБМ были обусловлены N.meningitidis, 20%

- S.pneumoniae, 10% случаев были вызваны гемофильной палочкой типа b (Haemophilusinfluenzaeтипа b или Hib) и 5% - прочими бактериями. В большинстве лабораторий этиологический диагноз менингита подтверждают бактериоскопическим и бактериологическим методами. Ранняя антибиотикотерапия клинически диагностированного менингита затрудняет выделение возбудителей, в связи с чем, доля расшифрованных случаев заболеваний составляет 30%.

Альтернативным подходом к определению этиологии менингита является использование молекулярно-биологических методов. Арсенал молекулярно-биологических методов включает полимеразную цепную реакцию, ДНК-гибридизацию и микроэррей, секвенирование генов и генома.

Применение ПЦР для диагностики менингита повышает на 35 – 56% число подтвержденных случаев ГБМ. ПЦР является наиболее чувствительным и специфичным из существующих экспресс-методов детекции возбудителей в биологическом материале: достаточно нескольких молекул ДНК в образце, чтобы обнаружить большинство известных микроорганизмов, в том числе некультивируемых.

Такие факторы, как хранение СМЖ при комнатной температуре, вместо 4 С в течение 96 часов, замораживание -оттаивание (до 3 раз) не влияет на чувствительность метода. Для молекулярно-биологических методов характерна высокая воспроизводимость, быстрота получения результата (в течение нескольких часов, позволяет проводить идентификацию без выделения чистых культур), умеренная и постоянно снижающаяся себестоимость.

Таким образом, использование молекулярно-биологических методов диагностики менингита и типирования в эпидемиологических целях возбудителей незаменимо в следующих случаях:

- отрицательные результаты диагностики классическими методами;

- использование для диагностики образцов СМЖ, взятых после антибиотикотерапии или на поздних стадиях болезни;

- необходимость срочного диагностического результата;

- замещение дорогостоящих иммунологических методов.

Полимеразная цепная реакция

Принцип ПЦР был описан в 1986 г. Сущность ПЦР заключается в амплификации, или образовании множественных копий, интересующих участков ДНК/РНК (как правило размером до 5000 пар оснований, увеличение размера приводит к снижению эффективности реакции). В качестве амплифицируемых участков ДНК могут выступать гены патогенности, жизненно-важных функций, устойчивости к противомикробным препаратам, видо- и родоспецифичные гены (для идентификации; нередко используют 16S рРНК гены), гены с неустановленными функциями.

Объектом исследования с использованием молекулярнобиологических методов выступает ДНК/РНК, в связи с чем на первой стадией ПЦР всегда осуществляется выделение ДНК/РНК из клеток, параллельно на этом этапе удаляются и клеточные ингибиторы ПЦР. В дальнейшем на выделенной ДНК-матрице происходит синтез множественных копий, поэтому важным условием проведения ПЦР является присутствие строительного материала ДНК – дНТФ (далее дезоксинуклеотрифосфатов) и фермента, осуществляющего их полимеризацию – Taq-полимеразы (выделяется из термофильных микроорганизмов Termophilusaquaticus, уникальность состоит в том, чтоне денатурирует при нагревании до 96 С).

Как и любой другой фермент, Taq требует определенных условий – рН, концентрации солей, что достигается внесением в реакционную смесь буфера для Taq и MgCl2.

Как правило, эффективно амплификация происходит в отношении не всей бактериальной ДНК, а лишь фрагментов до 5000 п.о., поэтому специфический участок ДНК для амплификации ограничивается с двух сторон праймерами (прямым и обратным) – цепочками нуклеотидов (до 15оснований), связывающимися с комплементарными структурами исследуемой ДНК.

Полимеразная цепная реакция является многостадийным процессом, заключающимся в: образовании из двуцепочечной ДНК одноцепочечной молекулы (денатурация); ограничении амплифицируемого фрагмента путем присоединения прямого и обратного праймера (отжиг);

полимерезации дочерних цепочек на ДНК-матрице (элонгация). Каждая из этих стадий протекает при определенной температуре. Реакцию амплификации повторяют 20-45 раз, предваряя ее дополнительной денатурацией и заканчивая дополнительной элонгацией.

Стадии ПЦР:

Первоначальная денатурация. Выполняется 1-5 минут при 95°C. Если содержание гуанина и цитозина в ДНК составляет 50%, то экспозиция должна быть увеличена до 10 мин.

ПЦР-цикл.Количество циклов зависит от количества исходного материала ДНК. Если количество исходных ДНК-копий менее 10, необходимо проводить 40 – 45 циклов, если более – 25 – 35 циклов.

А) стадия денатурации. Является составляющей цикла ПЦР.

Осуществляется при 94 –95°C в течение 0,5-2 минут. Уменьшение экспозиции по сравнению со стадией первоначальной денатурации обусловлено тем, что синтезируемые в процессе ПЦР продукты короче, чем исходная цельная ДНК.

Б) отжиг праймеров. Является составляющей цикла ПЦР. Для отжига достаточно 0.5-2 минут. Оптимальная температура отжига праймеров на 5 °C меньше температуры плавления праймера.

В) стадия элонгации. Является составляющей цикла ПЦР.

Осуществляется при 70-75°C в течение 1 минуты.

Финальная стадия элонгации.После последнего проведенного цикла образцы инкубируются при 72°C в течение 5-10 минут для образования дуплексов.

В результате ПЦР происходит экспоненциальное увеличение копий ДНК (ампликонов), описываемое формулой 2n, где n – число циклов амплификации. Образование огромного количества копий (108) позволяет выявлять их путем электрофореза в агарозном или акриламидном геле с последующей окраской ДНК-красителем –этидием-бромидом, флюоресцирующим в УФ-свете (290 нм) трансиллюминатора.

Организация молекулярно-биологических исследований

Проведение молекулярно-биологических исследований (ПЦР) является многостадийным процессом, включающим:

o выделение ДНК из клинического материала;

o приготовление реакционной смеси для проведения ПЦР и проведение полимеразной цепной реакции;

o визуализация продуктов амплификации методом электрофореза.

Каждая из этих трех стадий проводится в отдельных помещениях (зонах). Это связано с тем, что в процессе выполнения ПЦР может произойти нежелательная контаминация проб ампликонами или чужеродной ДНК, что приводит к получению ложно-положительных результатов.

Кроме зонирования, необходимо соблюдать ряд других обязательных условий:

все лабораторное оборудование, в том числе пипетки, штативы, лабораторная посуда, а также все рабочие растворы должны быть строго стационарными.

запрещается их перенос из одного помещения в другое.

Смена верхней одежды, головных уборов, обуви и перчаток является обязательным условием при выходе из помещений каждой зоны;

проводят ПЦР только в одноразовых перчатках;

используют и меняют при каждой операции одноразовые наконечники для автоматических пипеток с аэрозольным барьером;

используют одноразовую пластиковую посуду (пробирки, наконечники) должна сбрасываться в специальный контейнер, содержащий дезинфицирующий раствор;

поверхности столов, а также помещения, в которых проводится постановка ПЦР, должны ежедневно до начала и после окончания работ облучаться ультрафиолетовым светом в течение 60 минут;

для предотвращения контаминации проб исследуемой ДНК необходимо 1 раз в 2 недели обрабатывать все оборудование 0,1 н HCl с последующим смыванием дистиллированной водой и УФ облучением;

ветошь, уборочный инвентарь должны быть индивидуальными для каждого помещения, промаркированы и храниться раздельно.

ЗОНА1. Это помещение предназначено для обработки клинического материала и выделения ДНК из него.

Зона 1 должна быть оснащена следующим оборудованием, расходными материалами, средствами индивидуальной защиты:

оборудование: настольный бокс с бактерицидной лампой или стерильный ламинарный шкаф или отдельный стол, освещаемый УФлампой; твердотельный термостат для пробирок типа “эппендорф” на 25 – 1000С или водяная баня; микроцентрифуга для микропробироктипа «эппендорф» до 12 – 16 тыс. об/мин; вортекс («Micro-Spin», «Minigen»);

набор автоматических пипеток переменного объема 1000, 200, 5-50, 0,5-10 мкл.; холодильник на 2-8°С с морозильной камерой; штативы для микропробирок, наконечников.

Расходные материалы: одноразовые полипропиленовые плотно закрывающиеся пробирки на 1,5 мл, 0,5 мл; одноразовые наконечники для пипеток переменного объема с аэрозольным барьером 200 мкл; одноразовые наконечники для пипеток переменного объема до 200 мкл; емкость с дезинфицирующим раствором.

Средства индивидуальной защиты: отдельный халат; одноразовые резиновые перчатки; маска; шапочка; бахилы.

ЗОНА 2. Это помещение предназначено для приготовления реакционной смеси и проведения ПЦР.

В предназначенном для этого помещении должны присутствовать следующее оборудование, расходные материалы, средства индивидуальной защиты:

оборудование: настольный бокс с бактерицидной лампой или стерильный ламинарный шкаф или отдельный стол, освещаемый УФлампой; амплификатор (например «Терцик», «ДНК-технология» и др.);

микроцентрифуга для микропробирок типа «эппендорф» до 12–16 тыс.

об./мин.; вортекс «Micro-Spin», «Minigen»; набор автоматических пипеток переменного объема 1000, 200, 5-50, 0,5-10 мкл.; холодильник на 2-8°С, морозильная камера на минус 20°С для хранения продуктов амплификации ДНК и хранения ПЦР-реактивов; штативы для микропробирок, наконечников.

Расходные материалы: одноразовые полипропиленовые плотно закрывающиеся пробирки на 1,5 мл, 0,5 мл; одноразовые наконечники для пипеток переменного объема с аэрозольным барьером 200 и 1000 мкл;

одноразовые наконечники для пипеток переменного объема до 200 и до 1000 мкл; емкость с дезинфицирующим раствором для сброса использованных наконечников.

Средства индивидуальной защиты: отдельный халат; одноразовые резиновые перчатки; маска; шапочка.

ЗОНА3.Это помещение предназначено для работы с амплифицированными ДНК, визуализации продуктов амплификации методом электрофореза.

В предназначенном для этого помещении должны присутствовать следующее оборудование, расходные материалы, средства индивидуальной защиты:

оборудование: камера для горизонтального электрофореза объемом не более 400 мл; источник постоянного тока с напряжением 150-460 В;

ультрафиолетовый трансиллюминатор с защитным экраном; видеосистема с цифровой видеокамерой для регистрации результатов; холодильник на 2-8оС для хранения продуктов амплификации; микроволновая печь/водяная баня для плавления агарозы; колба коническая из термостойкого стекла для плавления агарозы на 100 мл; мерный цилиндр на 1 л; штатив для микропробирок на 0,5 мл; автоматическая пипетка переменного объема 0,5мкл, 20- 50 мкл; пластиковая емкость на 5 литров для дезактивации буфера и гелей, содержащих бромид этидия.

Расходные материалы: одноразовые наконечники до 200 мкл в штативе; клеящая влагонепроницаемая лента.

Средства индивидуальной защиты: халат; одноразовые резиновые перчатки.

В процессе работы в молекулярно-биологической лаборатории необходимо помнить о технике безопасности работы с этидием бромида, УФ-светом, инфекционным материалом.

Этидия бромид – канцерогенное соединение, связывающее ДНК и вызывающее мутации в ней. Необходимо соблюдать меры безопасности: 1) работать в перчатках; 2) при попадании на кожу или слизистые тщательно промыть соответствующий участок водой; 3) реагенты, содержащие этидия бромид, перед утилизацией подвергать специальной обработке.

Отработанные гели и буфер с этидием бромида из камеры помещают в пластиковую емкость на 5 литров с плотно завинчивающейся крышкой.

Добавляют 1 объем 0,5 М раствора калия перманганата и затем 1 объем 2,5 М соляной кислоты. Аккуратно перемешивают и оставляют при комнатной температуре на 4-6 часов. Добавляют 1 объем 2,5 М натрия гидроксида, аккуратно перемешивают. Сбрасывают нейтрализованные реактивы в канализацию.

УФ-свет. При работе с включенным трансиллюминатором пользуются защитным экраном или специальной защитной маской, так как ультрафиолетовый свет вызывает ожоги лица и слизистой глаз. Необходимо помнить, что УФ-свет вызывает мутации и разрушение исследуемой ДНК, поэтому длительная экспозиция ПЦР-продуктов в УФ-свете приводит к снижению интенсивности свечения. Если ПЦР-продукты подвергаются дальнейшим исследованиям (секвенированию, рестрикции, мутагенезу, клонированию) необходимо ограничить длительность УФ-облучения.

Инфекционный материал. Обезвреживание биоматериалов и реагентов проводят для каждой стадии отдельно, помещая одноразовую пластиковую посуду (пробирки, наконечники), колбы-ловушки вакуумных отсосов на 20ч в специальные контейнеры, содержащие дезинфицирующий 10 % раствор хлорной извести или 5 % раствор хлорамина Б.

МОЛЕКУЛЯРНО-БИОЛОГИЧЕСКАЯ ДИАГНОСТИКА МЕНИНГИТОВ

Мишени молекулярной идентификации нейссерий Геномная ДНК возбудителей ГБМ представляет собой достаточно крупную кольцевую хромосому, так, например, геном N. meningitidis состоит из 2.3 миллиона пар оснований и около 2160 генов. Идентификация и типирование менингококков на настоящем этапе развития науки в большинстве основано на изучении различий в генах: Сrg A, Sia D, Orf 2,16 S рРНК, IS 1106, por А или B, pil A, abc Z, adk, aro E, gdh, pdhC, pgm.

В качестве мишени для видовой идентификации с применением ПЦР может быть использован ген crg A, являющийся консервативным регуляторным геном и участвующий в регуляции адгезивных свойств N.

meningitidis. Для этого используют специфичные для crgA гена прймеры.

В качестве мишени для определения серогруппы менингококков используют 2 гена - Sia D и Orf 2.

Амплификация Sia D позволяет определить серогруппу B, C, Y, W135.

В результате ПЦР Sia D генов различных сероваров образуются продукты амплификации разных размеров, что позволяет отдифференцировать сероварианты при проведении электрофореза в 2% агарозном геле.

Размеры образуемых амплификонов составляют:

серогруппа В – 450 п.о.

серогруппа С – 250 п.о.

серогруппа Y, W135 – 120 п.о.

Амплификация Orf 2 (участок рамки считывания 29influen генов, необходимых для биосинтеза капсулы серогруппы А) позволяет определить серогруппу A. Размеры образуемых амплификоновменингокковcерогруппы А - 400 п.о.

Как правило, для ускорения анализа и снижения его трудоемкости проводят множественную ПЦР с одновременным использованием всех праймеров для Sia D и Orf 2. Положительную реакцию подтверждают последующей постановкой ПЦР с одним соответствующим праймером (прямым и обратным). Чувствительность метода составляет – 81 – 93%, специфичность – 96 – 100%. Выбранные праймеры специфичны в отношении своей серогруппы и не приводят к перекрестным реакциям с другими серогруппами и видами микроорганизмов – возбудителями менингитов (Listeriamonocytogenes, S. pneumoniae, Haemophilusinfluenzae, Mycobacteriumtuberculosis, Bacteroidesspp.).

В качестве мишени для видовой идентификации используют 16 S рРНК гены. 16 S рРНК ген позволяет идентифицировать широкий спектр микроорганизмов, так как присутствует у всех эубактерий и нередко в множественных копиях (до 7).

Для идентификации менингококков может быть использована амплификация вставочных последовательностей – IS 1106. Для этого используют праймеры, позволяющие получать продукты амплификации размером 331 п.о., подтверждающие менингококковую этиологию.

Метод ПЦР IS 1106 и 16 S рРНК позволяет определить присутствие нейссерий в ликворе в концентрации 102 КОЕ/мл. Специфичность и чувствительность метода – 99,6% и 97%.

Por A ген кодирует белок наружной мембраны I (ОМР I).

Секвенирование этого гена позволяет расширить представление о серосубтипах менингококков.

Для изучения неоднородности популяции менингококков и распределения их в клональные группы с целью эпидемиологических исследований используют мультилокусноесеквенирование-типирование, основанное на определении нуклеотидной последовательности 6 генов: 1) abc Z (ABC переносчик); 2) adk(ген аденилаткиназы); 3) aro E (шикиматдегидрогеназа); 4) gdh (ген глюкозо-6-фосфат дегидрогеназа); 5) pdhC (субъединица пируватдегидрогеназы); 6) pgm (фосфоглюкомутаза). Их нуклеотидную последовательность сравнивают с уже известными аллелями, данные о которых расположены в интернете по адресу http://mlst.zoo.ox.ac.uk.

Эпидемические клоны менингококков серогруппы А могут дополнительно характеризоваться по вариабельным генам, кодирующим белки tbpB (трансферрин-связывающий белок), iga (IgA-протеаза), opaB и opaD (так называемые «белки непрозрачности»). Аллели данных белков сначала были изучены путем прямого секвенирования, затем были подобраны рестриктазы, позволяющие дифференцировать аллели с помощью более быстрого и дешевого метода ПЦР с рестрикционным анализом.

Генотипирование менингококков можно осуществлять с использованием случайных праймеров или праймеров, комплементарных повторяющимся последовательностям, - это короткие праймеры, связывающиеся с большим количеством участков бактериального генома. В результате амплификации получается большое количество ампликонов, число и длина которых определяется числом и позицией потенциальных мест связывания праймеров в бактериальном геноме. Затем фрагменты характеризуются по подвижности в гель-электрофорезе. Характеристикой штамма, исследованного методом ПЦР со случайными праймерами, является электрофоретическая картина-паттерн, т.е. специфический набор полос на электрофореграмме препарата ДНК штамма. Паттерн практически уникален, то есть если при сравнении двух штаммов получаются одинаковые паттерны – это указывает на их идентичность. Различие в электрофоретических паттернах двух штаммов однозначно указывает на различие их геномов. В этом преимуществоданных методов, когда нужно проследить эпидемическую цепочку и установить источник заражения.

Мишени для молекулярной идентификации H. influenzae Для идентификации гемофил используют в качестве мишени Bex A ген, кодирующий связанный с капсулой белок или другие участки генома, контролирующие капсулообразование.

Мишени для молекулярной идентификации S. pneumoniae Молекулярную идентификацию S. pneumoniae проводят путем амплификации следующих генов-мишеней: рРНК, поверхностного адгезина А, пневмолизина, пенициллин-связывающего белка, аутолизина.

Аутолизин кодируется геном lyt A, его амплификация приводит образование ПЦР-продуктов размером 101 п.о.

Диагностика гнойных бактериальных менингитов с использованием стандартных диагностических наборов Показанием для проведения исследований СМЖ методом ПЦР на присутствие возбудителей ГБМ является цитоз спинно-мозговой жидкости более 100*106/л клеток с преобладанием нейтрофилов (более 50%).

Если цитоз менее 100*106/лклеток и преобладают лимфоциты (более 50%), то менингит имеет серозных характер и проводят исследования на присутствие вирусов (ЦМВ, энтеровирусов, вирусов клещевого энцефалита и др.).

Для диагностики бактериальных менингитов методом ПЦР в клинических лабораториях должны использоваться только стандартные наборы, позволяющие определять:

этиологиюменингита

- (Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilusinfluenza);

- серогруппуменингокков.

77. Выделение ДНК из клинического материала Материалом для исследования является: чистая культура, СМЖ, кровь и другие биологические жидкости.

Чистые культуры. Используется культура бактерий в количестве одной или нескольких колоний, которые переносятся стерильной одноразовой петлей в стерильную одноразовую пробирку с 0,5 мл безнуклеазной воды.

СМЖ.Образцы СМЖ забираются у больных ГБМ, желательно при поступлении в стационар, в рамках обычной диагностической спинномозговой пункции. Для ПЦР-диагностики обычно достаточно от 0.1 до 0.5 мл СМЖ, которую переносят в пластиковую пробирку типа «Эпиндорф».

Использование иных стерильно взятых образцов (кровь, аутопсийные материалы) возможно, но при ГБМ имеет меньшее значение.

Приготовленные бактериальные суспензии или образцы СМЖ, плазмы крови могут быть исследованы немедленно, сохраняться в течение 1-3 дней при 4оС, несколько месяцев при –200С, неограниченно при –700С.

Необходимо избегать нескольких циклов замораживания-оттаивания образцов.

Методы выделения ДНК из бактериальной суспензии.

Для повышения эффективности метода ПЦР-диагностики, особенно в случаях с низкой концентрацией возбудителей в СМЖ, необходимо проводить выделение ДНК из пробы:

с использованием стандартных наборов для выделения ДНК (в соответствии с инструкцией по применению);

метод температурного лизиса-осаждения (проводят цикл замораживания-оттаивания, кипятят в течение 3 минут, центрифугируют при 10 000 g в течение 5 мин, для исследования используют 15 мкл образцов).

Концентрацию выделенной ДНК в пробе при необходимости определяют спектрофотометрически при длине волны 260 нм.

Приготовление реакционной смеси для проведения ПЦР и проведение полимеразной цепной реакции Приготовление реакционной смеси для проведения ПЦР (выбор температурного режима) проводят в соответствии с инструкцией.

Визуализация продуктов амплификации методом электрофореза.

Наличие продуктов амплификации ДНК выявляют электрофорезом в 1% агарозном геле с этидия бромидом (0.5 мкг/мл).

–  –  –

ГЕНОДИАГНОСТИКА БАКТЕРИАЛЬНЫХ МЕНИНГИТОВ

Основными возбудителями гнойных бактериальных менингитов (далее

– ГБМ) являются бактерии видов Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, обуславливающих 88,9 – 95,0 % менингитов. Относительный вклад того или иного вида бактерий в заболеваемость ГБМ зависит от многих факторов: эпидемической обстановки, региона, возрастной группы больных и др. По данным российских авторов 65% случаев ГБМ были обусловлены N.meningitidis, 20%

- S.pneumoniae, 10% случаев были вызваны гемофильной палочкой типа b (Haemophilus influenzae типа b или Hib) и 5% - прочими бактериями. В большинстве лабораторий этиологический диагноз менингита подтверждают бактериоскопическим и бактериологическим методами. Ранняя антибиотикотерапия клинически диагностированного менингита затрудняет выделение возбудителей, в связи с чем доля расшифрованных случаев заболеваний составляет 30%.

Альтернативным подходом к определению этиологии менингита является использование молекулярно-биологических методов. Применение ПЦР для диагностики менингита повышает на 35 – 56% число подтвержденных случаев ГБМ. ПЦР является наиболее чувствительным и специфичным из существующих экспресс-методов детекции возбудителей в биологическом материале: достаточно нескольких молекул ДНК в образце, чтобы обнаружить большинство известных микроорганизмов, в том числе некультивируемых. Такие факторы, как хранение СМЖ при комнатной температуре, использование антибиотиков больным, замораживаниеоттаивание (до 3 раз) не влияет на чувствительность метода. Для молекулярно-биологических методов характерна высокая воспроизводимость, быстрота получения результата (в течение нескольких часов,что позволяет проводить идентификацию без выделения чистых культур), умеренная и постоянно снижающаяся себестоимость.

Таким образом, использование молекулярно-биологических методов диагностики менингита и типирования в эпидемиологических целях возбудителей незаменимо в следующих случаях:

отрицательные результаты диагностики классическими методами;

использование для диагностики образцов СМЖ, взятых после антибиотикотерапии или на поздних стадиях болезни;

необходимость срочного диагностического результата;

Организация молекулярно-биологических исследований Проведение молекулярно-биологических исследований (ПЦР) является многостадийным процессом, включающим:

выделение ДНК из клинического материала;

приготовление реакционной смеси для проведения ПЦР и проведение полимеразной цепной реакции;

визуализация продуктов амплификации методом электрофореза.

Каждая из этих трех стадий проводится в отдельных помещениях (зонах). Это связано с тем, что в процессе выполнения ПЦР может произойти нежелательная контаминация проб ампликонами или чужеродной ДНК, что приводит к получению ложно-положительных результатов.

Кроме зонирования, необходимо соблюдать ряд других обязательных условий:

все лабораторное оборудование, в том числе пипетки, штативы, лабораторная посуда, а также все рабочие растворы должны быть строго стационарными. Запрещается их перенос из одного помещения в другое.

Смена верхней одежды, головных уборов, обуви и перчаток является обязательным условием при выходе из помещений каждой зоны;

проводят ПЦР только в одноразовых перчатках;

используют и меняют при каждой операции одноразовые наконечники для автоматических пипеток с аэрозольным барьером;

используют одноразовую пластиковую посуду (пробирки, наконечники) должна сбрасываться в специальный контейнер, содержащий дезинфицирующий раствор;

поверхности столов, а также помещения, в которых проводится постановка ПЦР, должны ежедневно до начала и после окончания работ облучаться ультрафиолетовым светом в течение 60 минут;

для предотвращения контаминации проб исследуемой ДНК необходимо 1 раз в 2 недели обрабатывать все оборудование 0,1 н HCl с последующим смыванием дистиллированной водой и УФ облучением;

ветошь, уборочный инвентарь должны быть индивидуальными для каждого помещения, промаркированы и храниться раздельно.

1. ЗОНА 1. Это помещение предназначено для обработки клинического материала и выделения ДНК из него. Зона 1 должна быть оснащена следующим оборудованием, расходными материалами, средствами индивидуальной защиты:

оборудование: настольный бокс с бактерицидной лампой или стерильный ламинарный шкаф или отдельный стол, освещаемый УФлампой; твердотельный термостат для пробирок типа “эппендорф” на 25 – 1000С или водяная баня; микроцентрифуга для микропробирок типа«эппендорф» до 12 – 16 тыс. об/мин; вортекс («Micro-Spin», «Minigen»);

набор автоматических пипеток переменного объема 1000, 200, 5-50, 0,5-10 мкл.; холодильник на 2-8°С с морозильной камерой; штативы для микропробирок, наконечников.

Расходные материалы: одноразовые полипропиленовые плотно закрывающиеся пробирки на 1,5 мл, 0,5 мл; одноразовые наконечники для пипеток переменного объема с аэрозольным барьером 200 мкл; одноразовые наконечники для пипеток переменного объема до 200 мкл; емкость с дезинфицирующим раствором.

Средства индивидуальной защиты: отдельный халат; одноразовые резиновые перчатки; маска; шапочка; бахилы.

2.Зона 2. Это помещение предназначено для приготовления реакционной смеси и проведения ПЦР. В предназначенном для этого помещении должны присутствовать следующее оборудование, расходные материалы, средства индивидуальной защиты:

оборудование: настольный бокс с бактерицидной лампой или стерильный ламинарный шкаф или отдельный стол, освещаемый УФлампой; амплификатор (например «Терцик», «ДНК-технология» и др.);

микроцентрифуга для микропробирок типа «эппендорф» до 12–16 тыс.

об./мин.; вортекс «Micro-Spin», «Minigen»; набор автоматических пипеток переменного объема 1000, 200, 5-50, 0,5-10 мкл.; холодильник на 2-8°С, морозильная камера на минус 20°С для хранения продуктов амплификации ДНК и хранения ПЦР-реактивов; штативы для микропробирок, наконечников.

Расходные материалы: одноразовые полипропиленовые плотно закрывающиеся пробирки на 1,5 мл, 0,5 мл; одноразовые наконечники для пипеток переменного объема с аэрозольным барьером 200 и 1000 мкл;

одноразовые наконечники для пипеток переменного объема до 200 и до 1000 мкл; емкость с дезинфицирующим раствором для сброса использованных наконечников.

Средства индивидуальной защиты: отдельный халат; одноразовые резиновые перчатки; маска; шапочка.

Инфекционный материал. Обезвреживание биоматериалов и реагентов проводят для каждой стадии отдельно, помещая одноразовую пластиковую посуду (пробирки, наконечники), колбы-ловушки вакуумных отсосов на 20ч в специальные контейнеры, содержащие дезинфицирующий 10 % раствор хлорной извести или 5 % раствор хлорамина Б.

Мишени молекулярной идентификации нейссерий Геномная ДНК возбудителей ГБМ представляет собой достаточно крупную кольцевую хромосому, так, например, геном N. meningitidis состоит из 2.3 миллиона пар оснований и около 2160 генов. Чувствительность метода составляет – 81 – 93%, специфичность – 96 – 100%. Выбранные праймеры специфичны в отношении своей серогруппы и не приводят к перекрестным реакциям с другими серогруппами и видами микроорганизмов – возбудителями менингитов (Listeria monocytogenes, S. pneumoniae, Haemophilus influenzae, Mycobacterium tuberculosis, Bacteroides spp.).

Диагностика гнойных бактериальных менингитов с использованием стандартных диагностических наборов

1.Показанием для проведения исследований СМЖ методом ПЦР на присутствие возбудителей ГБМ является цитоз спинно-мозговой жидкости более 100*106/л клеток с преобладанием нейтрофилов (более 50%).

Если цитоз менее 100*106/л клеток и преобладают лимфоциты (более 50%), то менингит имеет серозных характер и проводят исследования на присутствие вирусов (ЦМВ, энтеровирусов, вирусов клещевого энцефалита и др.).

2. Для диагностики бактериальных менингитов методом ПЦР в клинических лабораториях должны использоваться только стандартные наборы, позволяющие определять:

- этиологию менингита (Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenza);

- серогруппу менингокков.

3. Выделение ДНК из клинического материала Материалом для исследования является: чистая культура, СМЖ, кровь и другие биологические жидкости.

Чистые культуры. Используется культура бактерий в количестве одной или нескольких колоний, которые переносятся стерильной одноразовой петлей в стерильную одноразовую пробирку с 0,5 мл безнуклеазной воды.

СМЖ. Образцы СМЖ забираются у больных ГБМ, желательно при поступлении в стационар, в рамках обычной диагностической спинномозговой пункции. Для ПЦР-диагностики обычно достаточно от 0.1 до 0.5 мл СМЖ, которую переносят в пластиковую пробирку типа «Эпиндорф».

Использование иных стерильно взятых образцов (кровь, аутопсийные материалы) возможно, но при ГБМ имеет меньшее значение.

Приготовленные бактериальные суспензии или образцы СМЖ, плазмы крови могут быть исследованы немедленно, сохраняться в течение 1-3 дней при 4оС, несколько месяцев при – 200С, неограниченно при –700С.

Необходимо избегать нескольких циклов замораживания-оттаивания образцов.

4. Методы выделения ДНК из бактериальной суспензии.

Для повышения эффективности метода ПЦР-диагностики, особенно в случаях с низкой концентрацией возбудителей в СМЖ, необходимо проводить выделение ДНК из пробы с использованием стандартных наборов для выделения ДНК (в соответствии с инструкцией по применению);

Приготовление реакционной смеси для проведения ПЦР (выбор температурного режима) проводят в соответствии с инструкцией.

–  –  –

Примечание: в группу «зеленящих» стрептококков относятся 9 видов малоизученных стрептококков. Примерно 5% пневмококков резистентны к оптохину.

Некоторые штаммы стрептококков, обозначаемые как «viridans» могут ингибироваться оптохином.

–  –  –




Похожие работы:

«ЧТЕНИЯ ПАМЯТИ ВЛАДИМИРА ЯКОВЛЕВИЧА ЛЕВАНИДОВА Vladimir Ya. Levanidov’s Biennial Memorial Meetings Вып. 5 ВНУТРИПОПУЛЯЦИОННОЕ ФЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ САМОК И САМЦОВ СЕВЕРООХОТОМОРСКОЙ ГОРБУШИ ONCORHYNCHUS GORBUSCHA (WALBAUM) Г.А. Агапова Институт биологических проблем...»

«ИЛЬИНА ЕЛЕНА ПЕТРОВНА НЕЗАКОННАЯ ДОБЫЧА (ВЫЛОВ) ВОДНЫХ БИОЛОГИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ (ПО МАТЕРИАЛАМ КАМЧАТСКОГО КРАЯ) 12.00.08 – Уголовное право и криминология; уголовно-исполнительное право Автореферат диссертации на соискание ученой с...»

«ЭКОТОКСИКОЛОГИЧЕСКАЯ ОЦЕНКА ГОРОДСКИХ ПОЧВ МЕТОДОМ БИОТЕСТИРОВАНИЯ Яковишина Татьяна Федоровна доцент кафедры экологии и охраны окружающей среды, канд. с.-х. наук, доцент, Государственное высшее учебное заведение "Приднепровская государственная академия строительства и архитектуры", Украина, г. Днепропетровс...»

«Ученые записки Таврического национального университета имени В. И. Вернадского Серия "География". Том 27 (66), № 2. 2014 г. С. 3–15. РАЗДЕЛ 1. ФИЗИЧЕСКАЯ ГЕОГРАФИЯ И ГЕОЭКОЛОГИЯ УДК 620.91:712.253.58 "ЗЕЛЁНАЯ" ЭНЕРГЕТИКА В САДОВО-ПАРКОВЫХ КОМПЛЕКСАХ Багрова Л.А., Змерзлая К.С., Мазинов А.С.-А. Таврический национальный...»

«Межгосударственная кластерная интеграция. Санкт-Петербургский Кластер Чистых технологий для городской среды. Interstate cluster integration. Saint-Petersburg Cleantech Cluster for urban environment. Миссия Кластера Mission of the Cluster Cделать Санкт-Петербург Making St. Petersburg экологичным и безопасным environmentally friendly and для про...»

«УДК 332.05 А.Н. Казанская, Т.Н. Мясоедова, В.А. Гаджиева (Южный федеральный университет; e-mail: akazanskaya@sfedu.ru) ОЦЕНКА СОЦИАЛЬНО-ЭКОЛОГО-ЭКОНОМИЧЕСКОГО СОСТОЯНИЯ ТЕРРИТОРИЙ КАК ИНСТРУМЕНТ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ МУНИЦИПАЛЬНЫХ ОБРАЗОВАНИЙ Показано применение интегрального подхода к оценке социально-эколого-эконом...»

«муниципальный район Кошкинский Раздел "Охрана окружающей среды и природопользования" на 2014 год и плановый период 2016 – 2018 годов За последние пять лет состояние окружающей среды на территории муниципального района Кошкинский удовлетворительное. Экологическая ситуация остатся стабильной, но окружающая среда испытывает повышающуюся т...»

«Известия высших учебных заведений. Поволжский регион УДК 618.3-06:616.98:579.861.2 Н. Н. Митрофанова, В. Л. Мельников, А. М. Слетов РЕЗУЛЬТАТЫ МОНИТОРИНГА ВИДОВОГО СОСТАВА И ОСНОВНЫХ БИОЛОГИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК МИКРОЦЕНОЗОВ МНОГОПРОФИЛЬНОГО СТАЦИОНАРА Аннотация. В статье представлены результаты мониторинговых исследований по из...»

«Классный час Покормите птиц зимой! Цель: Вызвать сочувствие к зимующим птицам. Научить проявлять заботу к ним. Расширить знания детей о птицах.Задачи: Формирование экологического представления детей об окружающем мире. Обобщить и расширить представления детей о зимующих птицах. Воспитывать и развивать единую экологическую задачу:...»

«Ученые записки Таврического национального университета им. В. И. Вернадского Серия "Биология, химия". Том 26 (65). 2013. № 3. С. 232-245. УДК 612.135:528.811+537-96 АДАПТАЦИОННО-ЗАЩИТНЫЕ РЕАКЦИИ МИКРОЦИРКУЛЯТОРНО...»

«Бакшеева Юлия Витальевна ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННО-ЧАСТОТНЫХ СВОЙСТВ СИГНАЛОВ В УЛЬТРАЗВУКОВЫХ СИСТЕМАХ ДИАГНОСТИКИ БИОЛОГИЧЕСКИХ ОБЪЕКТОВ Специальность: 05.13.01 "Системный анализ, управление и обработка...»

«Ученые записки Таврического национального университета им. В. И. Вернадского Серия "Биология, химия". Том 26 (65). 2013. № 4. С. 110-120. УДК 616.12:616.76 ИЗМЕНЕНИЕ МОЗГОВОЙ ГЕМОДИНАМИКИ ПРИ ПАРАВЕРТЕБРАЛЬНОЙ МИОРЕ...»

«Министерство образования и науки Российской Федерации Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Нижневартовский государственный университет" Кафедра экологии Фонд оценочных средств ди...»

«Пояснительная записка к рабочей программе по биологии для 9 класса Программа разработана на основе Федерального компонента государственного стандарта основного общего образования и Федерального базисного учебного плана, в соответствии с которым на...»

«BWC/MSP/2010/MX/INF.2 Совещание государств участников 5 August 2010 Конвенции о запрещении разработки, Russian производства и накопления запасов Original: English бактериологического (биологического) и токсинного оружия и об их уничтожении Совещание 2010 года Женева, 6–10 декабря 2010 года Сове...»

«УДК 338.48-6:502/504 С.М. НИКОНОРОВ СОЦИАЛЬНО-ЭКОНОМИЧЕСКАЯ СУЩНОСТЬ ЭКОЛОГИЧЕСКОГО ТУРИЗМА Ключевые слова: туристская конкурентоспособность, рейтинг туристской конкурентоспособности, совокупный рейтинг конкурентоспособности страны, критерии туристской конкурентоспособности, по...»

«Конференция учащихся муниципальных образовательных учреждений города Калуги "СТАРТ В НАУКУ" Секция: Экология Если не мы, то кто же? (Спасение лесной орхидеи) Автор: Мозгин Тихон, ученик 2 "А" класса МБОУ...»

«Обзор прессы 03.07.2009 Печатные и электронные СМИ Спецпроекты СФ расширил возможности инвестирования пенсионных накоплений 13:01 07/07/2009 МОСКВА, 7 июл РИА Новости. Совет Федерации одобрил во вторник закон, расширяющий возможности инвестирования средств пенсионных накоплений застрахованных лиц,...»

«Приказ Минздрава России от 15.11.2012 N 927н Об утверждении Порядка оказания медицинской помощи пострадавшим с сочетанными, множественными и изолированными травмами, сопровождающимися шоком (Зарегистрировано в Минюсте России 21.01.2013 N 26634) Документ предоставлен Ошибка! Недопустимый объект гиперссылки. Дата сохране...»

«НИКУЛИН АРТУР ЮРЬЕВИЧ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЕ СВЯЗИ И ФИЛОГЕОГРАФИЯ OROSTACHYS SPINOSA (L.) SWEET (CRASSULACEAE J.ST.-HIL.) ПО ДАННЫМ АНАЛИЗА НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОCТЕЙ МЕЖГЕННЫХ СПЕЙ...»

«5.2013 СОДЕРЖАНИЕ CONTENTS ЭКОНОМИКА И ФИНАНСЫ ECONOMY AND FINANCES Сафаров Ш. О. Пути совершенствования цено Safarov Sh. O. Ways to improve the price mecha вого механизма в сельском хозяйстве. 2 nism in agriculture АГРОЭКОЛОГИЯ AGROECOLOGY Абд...»

«Бородавочник (Phacochoerus africanus) Руководство по содержанию в неволе Составители: Пол Веркаммен и Ким Хабетс Центр размножения исчезающих видов ОАЭ; Шарья, ОАЕ Руководство по содержанию бородавочников (Phacochoerus africanus) Август 2006 г. Paul Vercammen, Kim Habets Breeding Centre for Endangered Arabian Wildlife PO B...»

«Министерство образования и науки Российской Федерации ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "САРАТОВСКИЙ НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ...»

«УДК 544.6 ВЛАГОПЕРЕНОС В БИКОМПОНЕНТНЫХ КОНСЕРВАЦИОННЫХ МАТЕРИАЛАХ НА БАЗЕ НЕПОЛЯРНЫХ РАСТВОРИТЕЛЕЙ Н. Е. Беспалько Кафедра "Безопасность жизнедеятельности и военная подготовка", ФГБОУ ВПО "ТГТУ"; bgd@mail.nnn.tstu.ru Ключевые слова и фразы: амиды; амины; атмосферная коррозия; массоперенос воды; инд...»

«О.А. Белых и др.: Дикоросы как источник биотехнологического сырья для производства УДК 630.2.56.9: 643.0.524 ДИКОРОСЫ КАК ИСТОЧНИК БИОТЕХНОЛОГИЧЕСКОГО СЫРЬЯ ДЛЯ ПРОИЗВОДСТВА ЛЕКАРСТВЕННЫХ СРЕДСТВ И БАДОВ О.А. Белых1, А.Н.Петров2, А.Г.Еникеев3 ГОУ ВПО "Иркутский государственный педаго...»

«Научно – производственный журнал "Зернобобовые и крупяные культуры" №2(22)2017 г.8. Домахин В.С. Урожайность и посевные качества семян разных сортов сои в зависимости от сроков и способов посева: автореф. дисс. канд. с.-х. наук // Краснодар, 2012.– 24 с.9. Методические рекомендации по производству семян элиты зернов...»

«МБОУ "Анабарская улусная гимназия"ОБСУЖДЕНО СОГЛАСОВАНО УТВЕРЖДАЮ На заседание МО зам директора по УНР директор школы Естественно-математического цикла Герасимова Н.И. Матвеева В.А._ Торо...»























 
2017 www.kn.lib-i.ru - «Бесплатная электронная библиотека - различные ресурсы»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.